В игре тесно переплетается два основных временных измерения, отличающихся как минимум одним ключевым моментом. В одном измерении Букер ДеВитт после бойни у ручья Вундед-Ни решает пройти обряд крещения — очистить свою душу, встать на новый путь в жизни и принять новое имя — Захари Комсток. В другом у него появляется ребенок — девочка Анна, но после смерти жены он начинает играть в карты и за долги вынужден отдать свою дочь. Именно он является главным героем.
Будучи Захари Комстоком, он решает создать утопический мир — летающий город Колумбию. По его замыслу, здесь не будет места войнам, а также неграм, азиатам и ирландцам. В этом ему помогают гениальные женщина-физик Розалинда Лютес и механик Иеремия Финк. Лютес занимается "разрывами", через которые Комсток может видеть вероятное будущее. Благодаря этому Комсток провозглашает себя Пророком, но становится бесплодным. Для продолжения работы ему необходим ребенок; с помощью Лютес он находит измерение, где у него есть дочь, и забирает ее взамен за уплату долгов. Букер в последний момент передумывает и хочет забрать ребенка обратно, но это ему не удается — портал захлопывается, отрезав кусочек мизинца дочери.
В измерении Букера Лютес не женщина, а мужчина по имени Роберт. После того, как Лютесы забирают ребенка, они оба остаются в измерении Комстока.
Основные события игры происходят 20 лет спустя. Из-за того, что часть Элизабет (мизинец) осталась в одном измерении, а сама она попала в другое, она обнаруживает в себе способности к управлению измерениями. Лютесы, осознав ошибку создания порталов, решают остановить Комстока. Для этого они посылают Букера в Колумбию, чтобы тот похитил Элизабет. Узнав об этом, Комсток начинает искать Букера, порицая его с помощью своей пропаганды, называя Букера "лжепророком" и указывая его отличительную черту — клеймо AD (=Anna DeWitt). Представляющих угрозу Лютесов Комсток убивает, но их мысли и сознание сливаются в близнецов Лютесов, которые по ходу игры то появляются из ниоткуда, то исчезают.
В процессе игры герой похищает Элизабет, но на их пути возникают различные трудности, которые Элизабет обходит с помощью перехода в другие измерения. Это создает несколько развилок в судьбе Букера. В моменты, когда его воспоминания из различных реальностей сливаются, у главного героя начинает течь кровь из носа.
Разобравшись с Иеремией Финком и главой повстанцев Дейзи Фицрой, Букер добирается до дома Комстока, но на них нападает Соловей — биомеханическая птица, созданная Финком для защиты Элизабет. Здесь показывается еще одна развилка: в одной из них Комсток, подчинив себе волю Элизабет, бьет ее током для предотвращения управления измерениями; постарев, Элизабет нападает на Нью-Йорк и передает через Букера для другой Элизабет советы, как этого избежать и как управлять Соловьем.
Вернувшись обратно, Букер освобождает Элизабет, и они добираются до дирижабля Комстока. При встрече Комсток обвиняет Букера, что это он виноват в том, что у Элизабет нет половины мизинца. Не помня этого, в ярости Букер убивает Комстока. После отражения нападения повстанцев Элизабет отдает приказ Соловью уничтожить башню-сифон, в которой она находилась в заточении. Взрывная волна выбивает из рук Букера свисток управления Соловьем. Чтобы защитить их от атаки Соловья, Элизабет переносит их в подводный город Восторг из первых двух частей BioShock. После перемещения они оказываются в подводном здании, а Соловей остается снаружи, где не выдерживает давления и погибает. Элизабет предлагает Букеру сесть в батискаф, в котором они подплывают к одному из маяков. Она объясняет, что маяки — это множество вариантов реальности, и показывает Букеру, как он отдал ее 20 лет назад. Букер забыл об этом после перемещения его Лютесами в другое измерение. Элизабет дает понять Букеру, что Комсток не должен создать свой "идеальный мир" ни в одном измерении, и Букер приходит к выводу что для этого он не должен допустить появления Захари. Букер соглашается, и Элизабет приводит его к моменту крещения и объясняет ему, что Закари Комсток и Букер ДеВитт — один и тот же человек, пошедший разными путями. Появляются различные версии Элизабет из разных измерений и топят его в воде. После этого одна за другой исчезают сами.
После титров можно увидеть сцену другого измерения, в которой Букер просыпается и слышит голос маленькой Анны в колыбельной.
==Одно из возможных объяснений концовки Суть убийства Букера была в том, чтобы уничтожить всякую вероятность появления Комстока. Вместе с ним исчезли все пространственно-временные парадоксы (Лютесы, Элизабет, разрывы и т. д.). Замкнутый цикл всегда решался по принципу: появление Комстока ВСЕГДА в конечном итоге приводит к тому, что Элизабет убивает Букера до крещения. В итоге получается абсолютный парадокс: она уничтожает и возможность своего появления. В чем же его решение? У Букера просто исчезает возможность принять крещение. Он всегда не приходит на крещение после битвы, всегда женится, всегда рождается Анна и они всегда живут вместе.
А сцена в самом конце в офисе черно-белая и прерывается так внезапно по одной причине: как и Кристофер Нолан в “Начале”, Кен Левин шутит над игроками, оставляет их в неведении, хочет, чтобы они сами разобрались, а сайты писали длинные тексты о его игре.
Интересные факты
Когда Элизабет и Букер перемещались между параллельными мирами, они встречали убитых в другом мире людей, но живых в этом. Они являются «живым» примером знаменитого эксперимента «Кот Шредингера», который указывал на недостатки в первоначальных тезисах квантовой механики. Эксперимент (он никогда не проводился, нет смысла): запереть кошку в коробке с ампулой с ядовитым веществом. Если ампула разобьется — кошка погибнет. Так же в коробке находится крошечное количество радиоактивного вещества, столь небольшое, что за час может распасться только один атом. Если распадется, то сработает счетчик Гейгера и ампула разобьется, а кошка погибнет. При этом абсолютно невозможно теоретическими методами установить, когда атом распадется и распадется ли вообще. Соответственно, без прямого наблюдения нельзя узнать, жива кошка или нет. Получается, что без наблюдения кошка находится одновременно в двух состояниях — «живом» и «мертвом», и лишь при прямом наблюдении (открытии коробки, сканировании и т. д.) наступает суперпозиция и два состояния сливаются в одно. В игре при перемещении коллапс волновой функции происходит неверно, и люди оказываются одновременно «живы и мертвы».
- В игре трижды показывают 1984 год — в первый раз, когда Элизабет открывает разрыв с видом на Эйфелеву башню и кинотеатр, в котором идет фильм "Месть Джедая" (La Revanche du Jedi, Revenge of the Jedi, первоначальное название "Возвращения Джедая"). Во второй раз Букер во сне видит, как дирижабли уничтожают Нью-Йорк. В третий раз он видит то же самое, но уже с комментариями постаревшей Элизабет.
- Колумбия парит в воздухе благодаря тому, что фундаменты домов и островов сделаны из материала, который легче воздуха. Это не такая уж и ерунда, как может показаться. В опубликованной 28 февраля этого года статье «Solid carbon, springy and light» был описан и продемонстрирован так называемый графеновый аэрогель, плотность которого в семь раз меньше, чем у воздуха и всего в два раза больше, чем у водорода. Кроме того, городу помогли взлететь Роберт и Розалинда Лютесы (каждый в своем мире). Поскольку Лютесы занимаются квантовой физикой, а голософон Розалинды гласит: "Остановить атом в воздухе — это левитация? Но левитация — удел магов, а я физик", Букер делает вывод: это "квантовый город".
- Колумбия — это женская персонификация США по аналогии с мужской — дядей Сэмом. Сейчас мало кто про нее вспоминает, но в XIX веке Колумбия была очень популярна.
- Колумбия — зеркальное отражение Восторга. В Восторг мы погружались на батисфере, в Колумбию мы поднимаемся в капсуле. Обе игры начинаются в маяке, но в BioShock мы летим к нему на самолете, а в Infinite — плывем на лодке. Впервые мы видим города, погружаясь в батисфере и, соответственно, спускаясь на парашюте в капсуле.
- Так же в игре по радио можно услышать кантри-версию песни «Can the Circle Be Unbroken (By and By)».
- Когда Соловей разрушает сифон, Элизабет отправляет себя, Соловья и Букера в Восторг. И когда Соловей умирает, за ним можно увидеть мертвого Большого Папочку и Сестричку, плачущую рядом с ним. В это время Джек идёт навстречу с Сандэром Коэном и видит последние минуты жизни Кайла Фицпатрика.
- "Стержневым" элементом сюжетной линии всей серии игр Bioshock выступает проблема преемственности, проблема "отцов и детей" — вопрос, насколько происхождение человека и влияние его родителей определяет его судьбу и неизбежный конфликт между предками и потомками, который из этого следует. Этот философский посыл хорошо завуалирован авторами и является "изюминкой" сюжета в BioShock 1 и BioShock Infinite (Джек и Эндрю Райан, Элизабет и Букер/Комсток) и открыто поднимается в игре BioShock 2 (Элеонора и Дельта/Лэмб). Примечательно, что в играх серии по сюжету практически всегда родители гибли именно от рук своих детей (Джек убивает Райана, следуя заложенной программе, во всех концовках Дельта так или иначе погибает от разрыва подсознательной связи с Элеонорой, Элизабет топит Букера в ключевой точке его жизни, чтобы предотвратить появление Комстока).